Struktur Organisasi Pengadilan Militer didasarkan pada PERMA Nomor 7 tahun 2015 tanggal 7 Oktober 2015 tentang Organisasi dan Tata kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan dan PERMA Nomor 01 tahun 2017 tanggal 17 Februari 2017 tentang Perubahan atas PERMA Nomor 7 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan.
Struktur Organisasi Pengadilan Militer I-05 Pontianak sebagai berikut:
Unsur Pimpinan
- Kepala Pengadilan Militer
- Wakil Kepala Pengadilan Militer
Panitera membawahi antara lain :
- Panitera Muda Pidana.
- Panitera Muda Hukum.
Serta membawahi kelompok jabatan Fungsional :
- Panitera Pengganti
- Pranata Peradilan
Sekretaris membawahi beberapa Sub Bagian antara lain :
- Sub Bagian Perencanaan, Teknologi Informasi dan Pelaporan.
- Sub Bagian Kepegawaian, Organisasi dan Tata Laksana.
- Sub Bagian Umum dan Keuangan.
Serta membawahi kelompok jabatan Fungsional :
- Fungsional Arsiparis.
- Fungsional Pustakawan
- Fungsional Pranata Komputer.
- Fungsional Bendahara.
- Unsur Pelaksana.